לגני ירושלים מערך אנשי מקצוע המתאים עצמו לנפחי העבודה המשתנים. ההנהלה הראשית וההנהלה המקצועית, ממוקמות במשרדי החברה בא"ת הר טוב ב' שבמרכז הארץ (ע"י בית שמש). באתרים השונים, ממוקמים משרדי משנה, עם מנהלי פרויקטים ומנהלי עבודה אשר מנהלים את העבודה בשטח.